Сразу после ареста 27 сентября 2006 года российских граждан министр обороны Сергей Иванов обвинил Грузию в провокации и пообещал дать ей "адекватный ответ". На следующий день Москва прекратила выдачу виз грузинам, отозвала посла из Тбилиси и начала эвакуировать семьи дипломатов из Грузии. 1 октября президент Владимир Путин обвинил Тбилиси в "государственном терроризме с захватом заложников". Уже 2 октября арестованные граждане России были переданы грузинскими властями представителям ОБСЕ и отправлены на родину.

Несмотря на это, 3 октября Россия полностью остановила транспортное и почтовое сообщение с Грузией. 4 октября Владимир Путин призвал совершенствовать работу рынков для "защиты коренного населения России". В тот же день по всей России начались милицейские проверки, в ходе которых выявлялись, а затем массово высылались на родину нелегалы из Грузии. Людей задерживали не только на рынках и улицах, но даже в церквях. От нескольких московских школ милиция потребовала списки детей с грузинскими фамилиями, чтобы проверить законность пребывания в столице их родителей. Тем временем, по заявлению грузинских властей, из тбилисской школы, находящейся в ведении группировки российских войск в Закавказье, были исключены 80 грузинских учеников и уволены 20 учителей.

Российские правоохранительные органы обратили внимание и на грузинскую культуру. 4 октября обыски прошли в культурном центре "Мзиури" на Арбате. 5 октября налоговые органы заинтересовались доходами родившегося в Тбилиси писателя Бориса Акунина (Григория Чхартишвили), а 6 октября Счетная палата уличила в финансовых злоупотреблениях Российскую академию художеств, президентом которой является Зураб Церетели. Из-за отказа в российских визах были отменены гастроли грузинского национального балета "Сухишвили--Рамишвили". МИД также не пустил в страну грузинских самбистов, которые собирались участвовать в юношеском чемпионате мира в Москве. Кроме того, из России была выдворена не сумевшая продлить визу 15-летняя фигуристка Елена Гедеванишвили.