Именно Палецкис в ноябре 2010 года осмелился озвучить в литовском радиоэфире фразу: «А что случилось 13 января ночью у телебашни? Как сейчас выясняется – свои стреляли в своих!».
В ней ничего не утверждалось, но присутствовало сомнение в официальной версии трагических январских событий января 1991 года. Но и этого оказалось достаточно для того, чтобы Генпрокуратура Литвы возбудила против Палецкиса уголовное дело.

18 января 2012 года суд первой инстанции оправдал Палецкиса. Однако уже 12 июня суд второй инстанции признал его виновным в «публичном сознательном принижении и отрицании советской агрессии против Литовской республики в январе 1991 года» и приговорил к штрафу в 10400 литов (более 3 тысяч евро).

Видимо, учитывая, что Альгирдас Палецкис некоторое время проживал в Москве, где у него сложились дружеские связи, было решено избрать его в качестве главы российской шпионской сети, якобы опутавшей всю Литву. В итоге Палецкис был тайно задержан полицией в октябре 2018 года.

Скрытие его задержания можно объяснить следующим. Прокуроры, видимо, были намерены тем самым усугубить психологическое состояние Палецкиса и вынудить его дать нужные им показания, манипулируя фактором неизвестности, типа «Будешь молчать, исчезнешь, но об этом никто не узнает!».

Стандартный мафиозный подход. Но надежды литовских полицейских и прокуроров не оправдались. Палецкис на шантаж не поддался.

На закрытом заседании Каунасского окружного суда 22 октября было принято решение о продлении срока заключения Альгирдаса Палецкиса еще на два месяца. Накануне заседания в социальной сети Facebook была опубликована фотография изможденного Палецкиса — за год нахождения под стражей он превратился в подобие узника нацистского лагеря смерти. Видимо, фашизм в самом деле возвращается в Литву.